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AWS的服务器集群为云环境中的研究提供了动力

超级计算和大数据在导致癌症新疗法方面又向前迈了一步。提供分子模型和药物设计软件的Schrdinger公司和Nimbus Discovery公司正在使用Cycle Computing拥有50,​​000个核心的超级计算机来运行虚拟屏幕,以查找导致癌症的蛋白质靶标。

Schrrdinger帮助资助Nimbus的工作,该公司执行药物发现和分子建模。

Cycle Computing 在4月19日于纽约市举行的Amazon Web Services峰会上宣布创建了代号为Naga的超级计算机集群。

AWS的服务器集群为云环境中的研究提供了动力。所述CycleCloud高性能计算(HPC)软件所带来的簇到超级计算机的水平。

Cycle Computing的创始人兼首席执行官Jason Stowe对eWEEK表示: “我们将这些服务器转变为可以正常运行的超级计算机。”

Schrödinger提供了Glide,这是一种计算对接应用程序,可在研究人员试图识别可能影响癌症活性的蛋白质时进行化合物库的筛选。这些发现可以导致潜在治疗的发展。

“他们正在试图做的是找到能适合到目标上的这种蛋白质,就像锁和钥匙那种情景分子,”斯托说。

作为绘图应用程序,Glide允许研究人员针对可能的癌症靶标筛选2100万个分子构象。Stowe说,该软件可以模拟分子在蛋白质中的位置。

Stowe解释说:“为了在合理的时间内做到这一点,他们需要多台机器,而这实际上就是高性能超级计算集群的用途。”

经过计算测试后,薛定er和尼姆布斯正在实验室中对分子进行物理测试。

Schrödinger总裁Ramy Farid 在一封电子邮件中对eWEEK表示:“我们将购买和分析来自虚拟屏幕的化合物,以确认确实更好的科学能够提供更好的结果。” “很难想象情况并非如此,但是我们必须做实验来确认。”

研究人员还使用了超级计算供应商的CycleServer软件来执行分析,诊断性能和管理项目的科学工作流程。

与传统方法相比,研究人员在不到三个小时的时间内完成了运行。

他说:“从本质上讲,他们将把这个过程缩短数月。” “如果您要尝试(内部)运行此方法,您可能会因为按旧方法而错过药物,或者实质上是,您将等待相当长的一段时间??几个月才能获得结果返回??然后必须筛选它们。”

Cycle在高峰时每小时需要花费4,900美元,而没有通过云访问计算功能的前期资金,Cycle在博客文章中报道。据Cycle称,一台内部超级计算机的电源,冷却和管理将耗资数千万美元。

斯托说:“这将花费相当长的时间,因此他们永远无法在内部运行它。”

AWS业务发展总监Terry Wise在一份声明中表示,通过将Cycle Computing的超级计算软件与AWS服务器结合,研究人员能够在更短的时间内执行复杂的计算,而费用仅为HPC基础架构成本的一小部分。

根据薛定er的法里德所说,在使用超级计算进行药物研究时,科学家通常必须权衡时间和准确性之间的“权衡”。

“这个虚拟屏幕确定了我们在内部集群中相同目标上所做的屏幕中遗漏的许多化合物,不用说,它比拥有50,​​000个核心的Amazon集群小得多。” Farid说。

Farid指出,Cycle的超级计算功能使Schrödinger和Nimbus能够以适当的评分和采样水平运行虚拟屏幕。

斯托说,在过去,只有最大的公司才能负担得起50,000核的计算。他指出,薛定er只有100到150名员工,对于制药公司来说,部署50,000个内核用于高性能计算并不常见。

Farid建议,使用超级计算可以使更多药物通过临床试验并推向市场。

“大多数项目甚至都没有进入开发候选阶段,对于那些确实做到这一点的项目,大多数项目在临床试验的某个阶段会失败,因此永远不会成为销售药物,” Farid说。他说,更快,更大的计算机“几乎可以肯定”可以解决这个问题。

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